건물이 처음부터 국가에 귀속되거나 기부채납되는 것이 아니라 철거될 것으로 예정되어 있었고, 그 후 실제로 철거가 이루어진 점 등에 비추어 보면, 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 당해 부동산에 해당하지 않음이 명백하므로 취득세 등 과세대상이라는 대법원의 판결이 나왔다.

“건물의 부지를 국가에 귀속 또는 기부채납하기 위한 공익적인 목적으로 이 사건 건물을 취득하여 이 사건 건물을 철거하고 주거·복지시설을 신축한 후 해당 부지를 국가에 귀속 또는 기부채납하였고, 지방세법 제9조 제2항 및 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항의 문언과 입법취지 등에 비추어 건물에 대한 취득세 등은 해당 부지와 마찬가지로 위 규정에 따라 면제되어야 한다.”고 하는 소를 제기한데 따른 것이다.

판결문에 의하면 “지방세법 제9조 제2항 본문은 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 ‘당해 부동산 자체’에 대한 취득세 비과세를 규정하고 있을 뿐인바, 이를 두고 귀속 또는 기부채납을 이행하기 위하여 또는 이를 목적으로 취득하는 다른 부동산에 대해서까지 취득세를 과세하지 않겠다는 의미로 해석할 수는 없다. 나아가 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 지방세법상 토지와 건물은 별개의 취득세 과세대상에 해당할 뿐만 아니라, 사법상 별개의 물건이므로, 이 사건 건물을 국가에 귀속 또는 기부채납되는 해당 부지와 동일하게 취급할 수는 없는 점, ② 원고가 이 사건 건물을 취득한 것은 이를 국가에 귀속시키거나 기부채납을 하기 위해서가 아니므로, 이를 두고 국가가 직접 이 사건 건물을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수는 없는 점, ③ 이 사건 건물은 처음부터 국가에 귀속되거나 기부채납되는 것이 아니라 철거될 것으로 예정되어 있었고, 그 후 실제로 철거가 이루어진 점 등에 비추어 보면, 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 당해 부동산에 해당하지 않음이 명백한 이 사건 건물에 관하여는 위 면제규정이 적용될 여지가 없다.”고 판단하였다. <판결문: 첨부파일 참조>